Vikander được sinh tại Gothenburg,[1] cô là con gái của Maria (Fahl) Vikander, một nữ diễn viên kịch, và Svante Vikander, một bác sĩ tâm thần. Cha mẹ cô xuất thân từ những ngôi làng nhỏ ở phía bắc và phía nam của Thụy Điển.[2] Họ rời khỏi nhau khi Vikander mới được hai tháng tuổi[3][4][5] và cô đã được nuôi lớn bởi người mẹ độc thân của mình. Cô có năm anh chị em cùng cha khác mẹ.[6] Khi lớn lên, Vikander nói rằng cô nhận được sự yêu thương tốt nhất có thể từ hai phía. Là một đứa con độc nhất đối với mẹ cô nhưng cô lại được bao quanh bởi một gia đình lớn khi cô sống tại nhà cha mình mỗi hai tuần một.[7] Cô mang trong mình dòng máu Thụy Điển và có một phần tư Phần Lan.[2]

Vikander bắt đầu sự nghiệp của cô như một nữ diễn viên khi bảy tuổi, cô đảm nhận vai diễn chính trong nhạc kịch Kristina från Duvemåla tại Nhà hát Opera Göteborg, được viết bởi Björn và Benny của ABBA; cô tham gia trong đoàn kịch trong ba năm rưỡi. Cô xuất hiện trong nhiều vở nhạc kịch khác nhạu tại nhà hát như The Sound of Music và Les Misérables. Năm 1997, cô tham gia vào chương trình ca nhạc Småstjärnorna của kênh truyền hình TV4; cô biểu diễn ca khúc "Du måste finnas" của Helen Sjöholms. Cô đã giành tập của mình với lời khen ngợi của ban giám khảo cho sự hiện diện sân khấu của cô.[8]

Vikander tập luyện ballet từ lúc chín tuổi với Svenska Balettskolan i Göteborg (1998-2004). Ở tuổi 15, Vikander chuyển từ Göteborg lên Stockholm để được đào tạo tại trường ballet trên. Tại đây, cô sống một mình, làm việc để trở thành một vũ công chính. Cô đi khắp thế giới nhằm tham gia các khóa học hè, cô từng có một khóa học hè tại Trường Ballet Mỹ tại thành phố New York.[9] Ở tuổi 16, cô gần như đã bỏ học để tham gia vào bộ phim truyền hình của đạo diễn Tomas Alfredson.[9] Qua đó, cô đã nhận ra niềm đam mê diễn xuất của mình. Sự nghiệp khiêu vũ của cô đã bị cô cho ra ngoài lề sau những chấn thương ở tuổi thiếu niên của mình.[10] Cô từng thử giọng cho trường kịch nghệ nhưng bị từ chối hai lần.[11] Tại một thời điểm, Vikander được nhận vào trường luật nhưng cô không bao giờ tham dự, nhằm theo đuổi giấc mơ trở thành một diễn viên của mình.[12]